Reformasi Birokrasi Kementerian Perhubungan sudah mulai dari tahun 2010 dimana pemerintah menetapkan Peraturan Presiden Nomor 81 Tahun 2010 tentang Grand Design Reformasi Birokrasi 2010-2025. Selanjutnya pada tahun 2011 Kementerian Perhubungan memantapkan diri untuk melangkah ketahap selanjutnya yaitu program-program reformasi birokrasi melalui 8 area perubahan. Pelaksanaan Reformasi Birokrasi Kementerian Perhubungan semakin meningkat dari tahun ke tahun. Hal ini dibuktikan dengan semakin meningkatnya nilai indeks Reformasi Birokrasi Kementerian Perhubungan dari tahun ke tahun.

Pelaksanaan Reformasi Birokrasi di lingkungan Kementerian Perhubungan tahun 2020 diawali dengan Rapat Pelaksanaan Evaluasi Reformasi Birokrasi Tahun 2019 dan Persiapan Reformasi Birokrasi Tahun 2020 di Lingkungan Kementerian Perhubungan pada tanggal 10 Maret 2020 yang dipimpin oleh Inspektur Jenderal dan Tim Evaluator Kementerian PANRB, yaitu penyampaian nilai Reformasi Birokrasi tahun 2019 sebesar 77,70 kategori BB dengan intepretasi Sangat Baik, selain penyampaian nilai Reformasi Birokrasi Kementerian Perhubungan, Tim Evaluator Kementerian PANRB juga menyampaikan langkah-langkah yang perlu dilakukan oleh Kementerian Perhubungan dalam pelaksanaan Reformasi Birokrasi tahun 2020.

Dalam pelaksanaan Reformasi Birokrasi tahun 2020, dilaksanakan Submit Online Penilaian Mandiri Pelaksanaan Reformasi Birokrasi (PMPRB) tahun 2020 yang dilaksanakan melalui aplikasi pada alamat website https://pmprb.menpan.go.id/ dengan melibatkan seluruh unit eselon I pada Kementerian Perhubungan dan penilaiannya mencakup pelaksanaan Reformasi Birokrasi pada tingkat pusat maupun Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan Kementerian Perhubungan.

Pelaksanaan Submit PMPB dilakukan bersama-sama dengan koordinator adalah Inspektorat Jenderal. Hasil nilai PMPRB masing-masing Eselon I disubmit kepada Inspektorat Jenderal dan hasil total nilai dari seluruh Unit Kerja Eselon I disubmit oleh Inspektorat Jenderal kepada Setjen, kemudian Setjen melakukan submit online kepada Kementerian PANRB. Nilai PMPRB Kementerian Perhubungan tahun 2020 sebesar 83,05 dengan kategori A intepretasi Memuaskan.

Setelahsatu tahun melaksanakan dan mendokumentasikan Reformasi Birokrasi, maka pada tanggal 29 s.d 30 September 2020 Tim Evaluator Kementerian PANRB melaksanakan penilaian pelaksanaan Reformasi Birokrasi dengan melakukan Entry Meeting penilaian pelaksanaan Reformasi Birokrasi tahun 2020 dan survei internal yang melibatkan 100 peserta yang mewakili seluruh jenjang eselon (eselon II, III, dan IV) dan Jabatan Fungsional. Pelaksanaan penilaian pelaksanaan Reformasi Birokrasi tahun 2020 dan survei internal dilakukan dengan menggunakan fasilitas zoom meeting dikarenakan pandemi Covid-19.